公司的经营目标为：采用先进适用技术和科学的经营管理方法，以高新化合物和新剂型的创新研究为依托，兴建先进的研发中心，并建立相应的生产工厂。
在科研开发方面：公司瞄准国际先进水平，建立科研基础平台，积极拓展新药研发领域，增加产品剂型，参与国内国际市场竞争，提高民族医药工业水平。
在生产管理方面：公司主要生产和销售大容量吸入剂、喷雾剂及冻干粉针剂。并秉承恒瑞医药"不断提高药品品质，致力人类健康幸福"的宗旨，严格按照GMP组织生产，以优异的产品品质造福社会。
作为恒瑞医药的对外窗口，上海恒瑞医药有限公司肩负着神圣的使命。为恒瑞医药构筑一个面向国内外的信息交流平台、人才聚集平台、全面与国际接轨的生产经营和研究开发平台，使之成为恒瑞医药的新闪光点、新经济增长点。
